一、病毒類疫苗的生產方法
不同病毒類疫苗的制備工藝各異，但主要程序相似，圖1為一般病毒類疫苗的制備工藝流程。
二、細菌類疫苗和類毒素的生產方法
細菌類疫苗和類毒素的制造雖均由細菌培養開始，但前者是用菌體作為進一步加工的對象，而后者則對細菌所分泌的外毒素進行加工。不同的菌苗，其制備工藝不盡相同，然而其主要程序相似。
三、疫苗的分離純化
目前廣泛使用和研發的疫苗（尤其是基因工程疫苗）本質上多為蛋白質，具備一般蛋白質的性質，分離純化與蛋白質的分離純化具有相同之處。但與一般蛋白質相比，疫苗的普及率高、用量大，且使用對象多為嬰幼兒和兒童，其分離純化相應要求更高。尤其是很多疫苗（如乙肝表面抗原）由多聚亞基組成，其免疫原性大于各單個亞基免疫原性之和，分離純化過程更為復雜。蛋白質疫苗和一般基因工程蛋白質的最大不同在于其分子質量往往高達幾十萬道爾頓甚至數百萬道爾頓。因而，疫苗的分離純化和一般蛋白質相比又具有不同之處，并針對不同的疫苗制品選用不同的分離純化路線。但一般都包括兩個基本階段:初級分離和精制純化。初級分離階段的主要任務是分離細胞和培養液，破碎細胞釋放產物（如果產物在細胞內），濃縮產物和去除大部分雜質等。選用的分離方法包括細胞破碎技術、離心沉降和各種沉淀方法等。精制純化階段則選用各種具有高分辨率的技術以使產物和少量干擾雜質盡可能分開，達到所需的質量標準。超速離心技術和各種層析技術成為當前達到此目的的主要方法。
為獲得免疫原性好、保護性強、毒副作用小的疫苗，早期的純化工藝依據物質的分子量、密度和表面電荷的不同來分離疫苗，往往以密度梯度離心為主，輔之以超濾、沉淀等技術，如我國乙肝表面抗原和狂犬病疫苗的生產。用該工藝制備的疫苗純度和性狀能符合要求，不足之處是抗原回收率不高、操作繁瑣且周期長、技術設備要求高，已逐漸為日臻成熟的層析技術所代替，在基因工程疫苗的研制中尤為如此。一般，傳統的離心、過濾和沉淀技術更多只是作為整個疫苗分離純化工藝的起始步驟，用于初步分離過程，層析技術與沉淀、離心等傳統分離技術的結合已逐漸成為疫苗分離純化的主流。