一、潔凈室工藝布局應按生產流程要求，做到布置合理、緊湊，有利生產操作，并能保證對生產過程進行有效的管理。
二、潔凈室工藝布局要防止人流、物流之間的混雜和交叉污染，并符合下列基本要求：
1、分別設置人員和物炎進出生產區域的通道，極易造成污染的物料（如部分原輔料、生產中廢棄物等）必要時可設置專用出入口。潔凈廠房內的物傳遞路線盡量要短；
2、人員和物料進入潔凈生產區應有各自的凈化用室和設計。凈化用室的設置要求與生產區的空氣潔凈度等級相適應；
3、生產操作區內應只設置必要的工藝設備和設計。用于生產、貯存的區域不得用作非本區域內工作人員的通道；
4、輸送人中和物料的電梯宜分開。電梯不宜設在潔凈區內。必需設置時，電梯前應設所閘
室或其他確保潔凈區空氣潔凈度的措施。
三、在滿足工藝條件的前提下，為提高凈化效果，節約能源，有空氣潔度要求的房間近下列要求布置：
1、空氣潔凈度高的房間或區域宜布置在人員最少到達的地方，并宜靠近空調機房；
2、不同空氣潔凈度等級的誠心誠意是或區域宜按空氣潔凈度等級的高低由里及外布置；
3、空氣潔凈度相同的房間或區域宜相對集中；
4、不同空氣潔凈度房間之間相互聯系應有防止污染措施，如：氣閘室或傳遞窗（柜）等。
四、醫藥工業潔凈廠房內應設置與生產規模相適應的原輔材料、半成品、成品存放區域，且盡可能靠近與其相聯系的生產區域，減少運輸過程中的混雜與污染。存放區域內應安排待驗區、合格品區和不合格品區。
五、下列生產輔助用室的布置要求：
1、稱量室宜靠近原輔料室，其空氣潔凈度等級宜同配料室；
2、設備及容器具清洗室需要在潔凈區內清洗的設備及容器具，其清洗室的空氣潔凈度等級應與本區域相同。100 級 10000 級潔凈區的設備及容器具宜在本區域外清洗，其清洗室的空氣潔凈度不應低于 100000 級；
3、清潔工具洗滌、存放室宜設在潔凈區域外。如需設在潔凈區內，其空氣潔凈度等級應與本區域相同；
4、潔凈工作服的洗滌、干燥室。
六、廠房設計應考慮防止昆蟲、動物進入車間的措施。