生物潔凈室和工業潔凈室的不同之處在于：生物潔凈室不僅依靠空氣過濾的方法，使送入室內空氣中的生物或非生物的微粒數量受到嚴格控制，同時還要對室內器具、地面、壁板等表面進行消毒滅菌處理。為此，生物潔凈室除了滿足一般潔凈室要求外，其內部材料還要能經受得起各種滅菌劑的侵蝕。通過高效過濾器過濾的空氣可視為無菌空氣，但過濾僅是一種除菌手段，并沒有殺菌作用。由于室內有人員、物料等污染源存在，潔凈室內只要有微生物所需要的營養源存在，在適宜的溫濕度條件下，就會使微生物大量生存、繁殖。因此，生物潔凈室的運行管理決不可忽視消毒滅菌措施。
1.無菌制劑操作室的清掃滅菌
無菌室室內設備、器具、傳遞窗及更衣室的清洗最好采用水洗，應定期對壁板及各表面進行消毒，對所使用的消毒液應定期更換，以防細菌產生抗藥性而影響滅菌效果。也可采用紫外線燈或臭氧進行消毒（要在非工作時間室內無人時進行），對典型部位應增加滅菌次數。
2.非無菌制劑室的清掃滅菌
非無菌制劑潔凈室（如固體制劑生產車間）的清掃，分為日常清掃和生產完畢的清場清掃。對墻面、頂棚及設備外表面均可采用不掉纖維的抹布擦拭，地面可采用半干拖布擦拭。可用紫外線燈或臭氧進行滅菌（要在非工作時間、車間內無人時進行），應定期用酒精擦拭頂棚和墻壁。