一、潔凈室的自凈時間
自凈時間是指潔凈室在開啟凈化空調系統后，使室內空氣由停機時的污染狀態達到潔凈室要求的潔凈度所需的時間。按照潔凈室的使用特點，潔凈室的自凈時間在設計時已確定。凈化空調設備管理人員應在這個時間以前開啟機組（對于有值班風機的系統，這一時間可以短一點；對于無值班風機的系統，這一時間則需要長一點）。每個潔凈室投運前，都應按照設計要求的自凈時間來制訂凈化空調機組提前開啟的時間。同一手術室在兩臺手術之間也應有一個自凈過程，以消除前一臺手術過程中存留在手術室內的菌塵粒子污染，避免交叉感染。在潔凈室自凈時間內，手術室內應保持靜態運行狀態，不應有人在室內逗留。與此同時，也應按照需要設定好室內溫度、濕度等參數，為手術提供適宜的環境條件。
二、潔凈室壓差控制
潔凈室的壓差可維持整個潔凈區空氣的壓力梯度，保證空氣從高潔凈度區域流向低潔凈度區域，或按指定的方向流動，是控制污染的有效手段。在制藥企業及負壓病房等潔凈室，該壓差也是控制交叉污染的有效措施。在潔凈手術部，這種有序的空氣流動，可確保各潔凈室的潔凈度及細菌數滿足要求。壓差控制是靠自動控制系統對室內送風量、回風量和排風量的調節來完成的。當潔凈室的送風量大于排風量和回風量之和時，室內呈正壓，潔凈室內空氣會經門縫等處向鄰室或走廊滲透。這樣就可以抵御低壓區空氣中微粒的滲入，這是正常的運行工況。如果該壓差由于某種原因降低，自動控制系統會及時進行調節，以保證規定的壓差。若此時不做調整，潔凈室抵御微粒侵入的能力也隨之降低，甚至消失。若該壓差出現負值時，則會造成微粒的滲入，這種情況是絕不允許的。若潔凈室未設置自動控制系統，運行管理人員應當隨時觀察相關潔凈室的壓差表，發現問題，應盡快調整，使其恢復到正常的壓差。