生鮮食品工廠有平頂式及尖頂式兩種屋頂。平頂式屋頂及天花板應使用不滲水、表面光潔、耐腐蝕、耐溫、白色或淺色防水材料覆涂或裝修。若噴涂涂料應使用可防霉、不易剝落且易清洗的材料。生產、包裝、貯存等車間的屋頂應有適當的坡度，易于清掃、消毒，以防止灰塵蓄積，避免結露、長霉或成片剝落等情況發生。管制生產區及其他食品暴露場所（原料料理車間除外）屋頂若為容易藏污納垢的結構，應加設平滑易清掃的天花板。天花板可以使用塑料材料制成的淺色防水材料。懸掛式天花板還應防灰及定期滅蟲。屋頂若為鋼筋混凝土構筑，其室內屋頂應平坦無縫隙，而梁與梁及梁與屋頂接合處應有適當的弧度，以便清潔。
蒸汽、水、電等配管不得設于暴露食品的直接上空，否則應有能防止塵埃及凝結水等掉落的裝置或措施。空調風管等宜設于天花板的上方。對于樓梯或橫越生產線的跨道構筑的設計，應避免造成附近食品及食品接觸面、包裝材料遭受污染，并應設置有安全設施。
對于樓層結構的車間，屋頂和樓蓋是沿高度將建筑物分成不同層次的水平間隔，它的表面為樓面，它的底面即為下一層的頂棚。因此，樓蓋應有1.5％～2％的坡度和排水明溝或地漏，以利于排水，最好是選用現澆整體式結構保證樓蓋不積水、滲水。