對于藥廠凈化車間中的設備來說，不管采用何種清潔方式，何種清潔劑和清潔參數，都必須制定一份詳細的書面規程，規定每一臺設備的清潔程序，從而保證每次清潔操作都能以相同的方式實施清潔，并獲得相同的清潔效果。這是進行清潔驗證的前提。
從保證清潔重現性及驗證結果的可靠性出發，清潔程序至少應對以下方面做出規定：
①清潔開始前對設備進行必要的拆卸要求和清潔完成后的裝配要求；
②所用清潔劑的名稱和主要成分；
③清潔劑的配制方法；
④清潔劑接觸表面的時間、溫度、流速等關鍵參數；
⑤淋洗要求；
⑥生產結朿至開始清潔的最長時間；
⑦連續生產的最長時間；
⑧已清潔設備用于下次生產前的最長存放時間。
清潔操作規程的編制應考慮以下要點。
一、拆卸
應在設備的清潔規程中規定一臺設備需要拆卸的程度，大多數設備，如大容量注射劑的灌裝機、固體制劑的一步制粒機等在清潔前需要預先拆卸到一定程度，小針的灌裝機則幾乎完全拆卸。應有書面的、內容清晰完整的拆卸指導，最好附有示意圖，以使操作人員容易理解。
二、預洗/檢查
預洗的目的是除去大量的（可見的）殘留產品或原料，為此后的清潔創造一個基本一致的起
始條件。
由于清潔規程往往不是專用的，它需要適用于生產多種產品和濃度或劑量規格的通用設備，以簡化管理及操作，因此需要進行預洗。預洗的作用是確立一個相對一致的起始點，以提高隨后各步操作的重現性。
預洗所用水質不必苛求，通常飲用水或經一定程序凈化（如過濾）的飲用水已經足夠，使用水管或手持高壓噴槍用水沖洗設備以除去殘留物，持續噴洗設備直至可見殘留物消失，以此作為預洗的終點，操作者判斷預洗完成與否的標準必須盡可能的明確，特別是應檢查的部位。
三、清洗
此步的目的是用清潔劑以一定的程序除去設備上不可見的殘留物，這種一致性是進行清潔驗證的基礎。在預洗后再對設備或部件進行進一步的清洗，使用到的清潔劑應進行細致明確的規定，包括名稱、組成、濃度以及配制方法。
清洗過程中的各種影響清洗效果的參數，均需要進行規定，例如清潔劑用量、回流或攪拌時間、需要浸泡或擦拭的要求等，為提高清洗效果，在兩步清洗之間可加入淋洗操作，提高清洗的效果并不影響藥廠凈化車間的潔凈度。
正式的清洗過程結束后，通常會用水以同定的方法最后淋洗設備表面，以除去設備上不可見的清潔劑等殘留物。為保證清洗程序的重現性，必須在清洗程序中明確規定淋洗的次數及其他相關參數。GMP對水質有明確的要求時，應根據產品的類型采用符合藥典標準的制藥用水。
四、干燥/儲存
根據需要決定設備是否需要干燥，以除去設備表面的殘留水分，防止微生物滋生，對于經過驗證的清潔程序，如果設備淋洗后要進行滅菌處理，或者經高溫、無菌的注射用水淋洗后并密閉保存的設備則不一定要進行干燥處理。
藥廠凈化車間的設備清洗干燥后，需要規定已清潔設備和部件的儲存條件和最長儲存時間，對于暴露的設備，最好采用外用的防護進行保護，防止再次污染。
五、裝配
應規定將被拆卸部件重新裝配的各步操作，并附示意圖以利于操作者執行，此外要注意裝配期間防止污染設備和備件。