在藥廠凈化車間施工完成后，企業需要對藥廠凈化車間進行聯動調試，聯動調試一般情況下分為兩個階段進行，即風量分配階段和聯動調試階段。
1、風量分配：
風量分配即將各個藥廠凈化車間的送風量、回風量、新風量、排風量全部按設計要求調整到設計風量。因為一個潔凈廠房可能有多個空調送風系統和排風系統，或一個空調送風系統要負擔多個藥廠凈化車間的送風。因此，風量分配調試工作是一項工作量大、時間長、耐心細致的工作。風量分配調試工作也是整個調試工作的重點工作。常用的風量分配調試方法采用標準風口法。
標準風口法：一個藥廠凈化車間可能有幾個、幾十個空調送風口、回風口。因為它們之間都是相通的，當調整某一個風口送風的風量時其他送風口的風量也會跟其變化。因此，采用標準風口法。
所謂標準風口法，就是在風量分配之前，將所有閥門都開到最大的情況下 ，在所有的送風口這中找到最不利的送風口（送風量最小的送風口），將此風口作為標準風口。在標準風口上設一監測儀表，隨時測試標準風口的風量變化。然后調整其它所有風口風量。因為調整任何一個風口風量時，都會影響已調整過的風口的風量的變化；因此，在調整任何一個風口風量時，都要以標準風口當時風量為參照風量，使所有被調風口的風量均隨標準風口的風量變化而同步變化。
當一個凈化空調系統負責多個藥廠凈化車間空調時，調試要以藥廠凈化車間為單位由末端向總干管方向進行，對各藥廠凈化車間首先調整其送風量的相對關系量，然后 ，再用系統的總閥門來將每個送風口，每個藥廠凈化車間的送風量都調整為真實的設計送風量。
2、聯動調試
聯動調試在風量調整和單機試車后進行。聯動調試就將凈化空調系統和為凈化空調系統服務的所有系統即：供冷系統（冷凍機、冷卻塔、水泵以及供冷系統上所有的配件）、供熱系統（鍋爐、水泵以及供熱系統上所有配件） 、供電系統（配電箱、變頻器……）和自動控制系統全部投入運行，考核各系統的綜合性能和聯動性能。必要時，在藥廠凈化車間內人為的設置一定量的負荷，考核溫、濕度探頭、中間儀表和執行機構的聯動是否敏感、協調；考核溫、濕度探頭是否準確，精度是否合格。