由于制藥廠凈化車間尤其制劑車間有潔凈度要求，在藥廠設計上均考慮密閉（包括無窗廠房或有窗密閉操作的廠房）、空調等，潔凈廠房的布置與構造上有很多不利于防火的因素，如工藝上經常使用有機溶劑，并且廠房內布置有大量貴重儀器設備，一旦發生火災造成的損失極大，所以更應重視防火安全問題。
（1）空間密閉。制劑車間內部的空間封閉、圍護結構氣密，相當數量的無窗車間和有局部雙層密封窗的空間，不可開啟，保溫材料和室內裝飾材料大量使用高分子合成材料，火災發生后，燃燒中會產生大量的毒氣和濃煙，對于疏散和撲救極為不利。同時由于熱量無處泄放，火源的熱輻射經四壁反射，室內溫度會迅速升高，使室內各部位材料縮短達到燃點的時間。當廠房為無窗廠房時，一旦發生火災時不易被外界發現，故消防問題更顯突出。
（2）平面布置曲折。潔凈車間平面布置曲折，潔凈區對外的總出入口少，增加了疏散路線上的障礙，延長了安全疏散的距離和時間，給人員疏散造成了困難。
（3）空調風管密布。若干潔凈室通過風管彼此相通，火災發生時，特別是火災剛起尚未發現而仍繼續送回風時，風管將成為火及煙的主要擴散通道。