食品廠凈化車間是非常重要的生產場所，為了食品安全著想，凈化車間必須保持衛生，控制食品廠凈化車間內微生物的含量。食品廠凈化車間在使用一段時間后，凈化車間內的微生物含量會不斷上漲，車間內的設備和原材料都有被污染的風險，所以我們要定期對食品廠凈化車間進行消毒滅菌，但是，值得注意的是，食品廠凈化車間是個特殊的地方，由于生產的食品，這就要求使用的清潔劑或消毒劑不得對食品廠凈化車間內的設備、原材料、成品造成二次污染，并且長時間使用同一種消毒劑會讓微生物產生耐藥性，所以還必須得定期更換消毒劑。
一、食品廠凈化車間常用的消毒劑
1、甲醛：甲醛可以阻抑菌細胞核蛋白質合成，是一種常用的殺細菌和殺真菌劑。我們所知的福爾馬林溶液就是37—40%的甲醛水溶液，經常用于保存動物標本，也可以作氣體熏蒸和液體消毒。甲醛有揮發性，對眼睛、皮膚有刺激性，引起皮膚硬化或皺褶，不宜做皮膚消毒用。
2、0.1%新潔爾滅溶液：它是苯扎溴銨溴化二甲基芐基烴銨的混合物，它可以使蛋白質變性，破壞細胞膜，從而達到滅菌的作用。
3、75%酒精溶液：75%酒精溶液常被用于皮膚消毒，它能迅速殺死細菌繁殖體，對一般病毒有一定的消毒作用。
4、5%來蘇水甲酚皂溶液作用機制：損傷細胞膜 。
二、食品廠凈化車間消毒滅菌方法
1、熱力滅菌：分為干熱滅菌與濕熱滅菌，主要是利用高溫的致死作用，使微生物的蛋白質和核酸等重要生物高分子發生變性、破壞，而導致細胞死亡。
2、氣體滅菌：常用的化學消毒劑有環氧乙烷、氣態過氧化氫、甲醛、臭氧（O3）等，本法適用于在氣體中穩定的物品滅菌。其中，臭氧擴散性好, 不易產生殺菌死角 ,有效消毒時間持續長且消毒后無殘留等優點 ,可彌補紫外線殺菌存在的天然缺點 , 臭氧對空氣中的微生物有明顯的殺滅作用 , 但對表面上污染的微生物的殺滅作用卻比較緩慢。臭氧殺菌效果受濃度、溫度、濕度、作用時間等因素影響, 一般溫度低, 濕度大 (相對濕度必須大于 70%), 消毒效果好。
3、輻射滅菌: 電離輻射和電磁波輻射。
4、過濾滅菌:以物理的方法除去介質中的微生物。常將空氣或液體中的微生物及雜質用不同材料制成的薄膜濾器過濾得到無菌、無雜質的空氣或液體。濾過病毒的濾膜孔徑為25 ～100nm；濾過細菌的濾膜孔徑為0.22～0.45μm。
5、紫外線滅菌：紫外線輻射的穿透力很弱，因此主要用于無菌室、某些工作區的空氣滅菌、物體表面滅菌。實踐工作中在食品廠凈化車間安裝紫外燈，一般僅起殺死空氣中部分微生物的作用，而不能起到完全滅菌的作用。紫外線消毒室我國目前應用最廣泛的消毒方法之一，目前所使用的紫外線殺菌燈是以253.7nm波長紫外線。紫外線是一種低能量的電磁幅射, 其照射殺菌機理是直接照射到微生物表面或物體表面并保持足夠的殺菌時間就能夠破壞微生物機體細胞中的 DNA(脫氧核糖核酸 )或 RNA(核糖核酸 )的分子結構, 造成生長性細胞死亡或再生性細胞死亡 ,達到食品廠凈化車間殺菌消毒的效果。