水能成為微生物（包括細菌）的載體。水的質量是生鮮食品加工的關鍵。
生鮮食品工廠應有充足、良好的水源。在生鮮食品生產的不同環節，需用水的質量標準不同。要根據不同用途在適當溫度及壓力下進行處理，使水既安全又衛生。若水與設備部件、生鮮原料以及生鮮產品的表面接觸時，要把水當成生鮮食品的一個組成部分。
建議對加工過程中使用的水進行下列操作。
1、對直接接觸生鮮食品的用水（如加工過程用水，清洗和消毒設備用水，準備生產、加工產品過程中用水），包括制冰用水，必須符合GB5749—2006《生活飲用水衛生標準》的規定。若使用井水，按常規方式在井所在地及各車間測試，以確保水的質量符合GB5749-2006的有關規定。建議采用水處理設備器保護水和冰的來源不受污染，作為例行基本程序要對水木炭過濾系統進行維護。
如需配備貯水設施，應有防污染措施，并定期清洗消毒。要定期檢查供水系統，確保各個系統之間沒有交叉連接，以保證供水系統提供滿足質量的水。
2、不與食品接觸的冷卻用水、制冷用水、消防用水等必須用單獨管道輸送，并需有明顯目的顏色區別標志，絕不能與生產（飲用）水系統交叉連接。
3、蒸汽用水:直接用于生鮮食品加工或與食品接觸的蒸汽用水，不得含有影響人體健康或污染食品的物質。
4、循環用水:使用循環用水必須有相應的處理措施，保證水質達到工藝要求的水質標準。
5、冷卻水的質量:必須使用水質良好的冷卻水，并定期化驗規定的指標。必要時應在冷卻水中適當加入氯；加氯量應使排放的冷卻水中余氯含量不低于 0.5mg/kg。