對于藥廠來說，用于制藥的水是必須要經過消毒和滅菌的，下面筆者就談下藥廠車間設計之制藥用水系統的消毒和滅菌。
（1）巴斯德消毒（簡稱巴氏消毒） 巴氏消毒是指將飲料或其他食物（如牛奶或啤酒）加熱到一定溫度并持續一段時間，以殺死可能導致疾病、變質或不需要的發酵微生物的過程。巴斯德消毒常用于回路消毒，即用80℃以上的熱水循環1～2h。采用這一消毒手段的純化水系統，其微生物污染水平通常能有效地控制在低于50CFU/ml的水平。由于巴氏消毒能有效地控制系統的內源性微生物污染，一個前處理能力較好的水系統，細菌內毒素則可控制在5EU/ml的水平。
（2）臭氧消毒 目前在高純水系統中能連續去除細菌和病毒的最好方法是用臭氧。使用臭氧消毒并在用水點前安裝紫外燈減少臭氧殘留，是制藥用水系統，尤其是純化水系統消毒的常用方法之一。
（3）紫外線消毒 波長在200～300nm之間的紫外線有滅菌作用，其滅菌效果因波長而異，其中以254～257nm波段滅菌效果最好。紫外線殺菌器的安裝位置一般離使用點越近越好，但也應留有從一端裝進或抽出石英套管和更換燈管的操作空間。由于被殺死的細菌尸體污染純水，因此要在紫外殺菌器后面安裝過濾器，一般要求濾膜孔徑≤0.45μm。