空調系統對室內空氣都有一定的凈化要求，對于一般以溫、濕度要求為主的空調系統，只要在送、排風系統設置初效過濾器，將大顆粒灰塵過濾掉即可；對于有一定的潔凈要求，但無確切的潔凈度指標，或提出的潔凈度指標低于最低級別潔凈室潔凈度要求的空調系統，可設兩道過濾器，即初效過濾和中效過濾；對于有明確的潔凈指標要求，潔凈度、溫度、濕度、靜壓值達到潔凈室級別的空調系統，則必須設置專門的空調系統，這種系統稱為凈化空調系統。凈化空調又稱潔凈空調。下面成都凈化工程公司就談下食品工廠設計中潔凈室設計之凈化空調系統的設計原則。
1、面積大、凈空高、空調區集中和消聲減振要求嚴格的潔凈室，宜采用集中式系統；布置分散、對消聲減振沒有嚴格要求的潔凈室可采用分散式系統。
2、產生不同有害物的房間，其回風不能混合。
3、集中式凈化空調系統一般不宜過大，面積大的車間，應采用多個凈化空調系統。
4、在保證新風量和正壓的前提下，盡量利用回風，在回風口或回風管道上應設初效或中效過濾器。
5、新風口應采取防倒灌措施。
6、空氣過濾器應選用阻力和效率相近的高效過濾器。初效空氣過濾器不要選用浸油式過濾器；中效過濾器應設置在空調系統的正壓段；高效過濾器或亞高效過濾器盡量靠近潔凈室的送風口。送風機可按凈化空調系統的總送風量和總阻力值進行選擇。中、高效空氣過濾器的阻力按其初阻力的兩倍計算。
7、潔凈室內如有產生粉塵和有害氣體的設備應設局部排風系統。有排風系統時每一潔凈室宜獨立設置，并且應在排風機吸入段設置中效過濾器或止回閥，以防止空氣回灌造成二次污染。含有易燃、易爆物質的局部排風系統，應采取防火、防爆措施。通道間等過渡房間送風宜利用潔凈室的無害排風或多余的回風，在廁所、盥洗等負壓房間進行排風。
8、風管、閥門及附件應選用表面不易積塵和便于清掃的材料制作。