藥廠潔凈室設計施工是一項由多門學科構成的復雜工程，有時候由于設計人員的疏忽或者對設備或規范的不熟悉，容易在設計出現一些問題，下面成都凈化工程公司就談下藥廠潔凈室設計施工可能存在的一些問題。
一、潔凈室的換氣次數不合理
換氣次數、壓差、懸浮粒子數是潔凈室三項最基本的要求，潔凈室不論是亂流時的稀釋作用，還是單相流時的置換作用，都需靠潔凈空氣的量來控制和實現潔凈室的各種參數，因此潔凈室的換氣次數不能過低。比如1間30萬級的潔凈室，其換氣次數為12次，檢測時經過清潔、空吹就可以得到萬級的數據，但這只是數據上的萬級，如果室內發生污染，要經過較長時間的自凈才能重新達到要求，這樣潔凈室的質量是令人堪憂的，可見潔凈室不僅要使空氣潔凈度達到一定級別，而且要有一定的抗污染干擾能力。自凈時間的大小，可在一定定程度上反映潔凈室的抗污染干擾能力。
潔凈室的換氣次數也不能過大，我國《潔凈室施工及驗收規范》將風量上限規定在1.2倍，否則將增加運行費用。另外從有的潔凈室的檢測數據來看，提高換氣次數并沒換來潔凈級別的提高，反而證明潔凈室的設計、施工有問題，不是高效過濾器漏就是潔凈室氣流組織型式不合理。
根據有關規定，潔凈室的送風量應取下列三項中的最大值:為保證空氣潔凈度等級的送風量；根據熱、濕負荷計算確定的送風量；向潔凈室內共給的新鮮空氣量。其中新鮮空氣量應取下列兩項中的最大值:補償內排風量和保持室內正壓值所需新鮮空氣量之和；保證供給潔凈室內每人每小時的新鮮空氣量不小于40m3。
二、不宜采用上送上回方式
由于歷史原因個別潔凈室仍采用上送上回的送回風方式。上送上回最大的好處是造價低，節約資金，但它至少會出現下面幾種情況:
（1）在一定高度（例如呼吸帶）上5μm大微粒較多，往往以0.5μm衡量達到標準，而以5μm衡量則達不到標準。
（2）如果是局部百級的場合，則工作區的風速往往很小，很難達到標準。
（3）自凈時間較長，實測表明自凈時間可以長出1倍。
上送上回方式雖然在某些空態測定中可能達到設計潔凈度級別，但在動態是很不利于排除污染，是不宜推薦的方式，這是因為:
（1）上送上回容易形成某一高度上某一區域氣流趨于停滯，當微粒的上升力和重力相抵時，易使大微粒（主要是5μm微粒）停留在某一空間區域，不利于排除微粒，而且系統產生的一次污染還易誘發二次污染。
（2）容易造成氣流短路，使一部分潔凈氣流和新風不能參與全室的作用，因而降低了潔凈效果和衛生效果。
（3）容易使污染微粒在上升排出過程中污染其經過的操作點。
三、潔凈室內各種設施的布置未充分考慮對氣流流型和空氣潔凈度的影響
（1）非單向流潔凈室只設單側回風，增加了非單向流潔凈室的渦流區，也增加了交叉污染的機會，如操作者、工作區處在送風口與回風口之間則影響更大。
（2）非單向流潔凈室的回風口未遠離工作區。
（3）需排風的工藝設備未布置在潔凈室的下風側；余壓閥未布置在潔凈氣流的下風側。
四、潔凈室送風口數量過小
潔凈室設計是由于現場條件的限制，或者由于投資的過分壓低，常使送風口數量被不適當的消減，結果在相等的換氣次數下，出風速度加大，增加了速度場的不均勻性，使渦流區增加或擴大。
五、過濾器的選用不合理
過濾器的選用應遵守以下要點:末級過濾器的性能要可靠，預過濾器的效率規格要合理，初級過濾器和預過濾器的維護要方便。
另外高效過濾器必須經過逐臺檢驗。如有可能盡可能選擇濾料面積大的過濾器，過濾面積大，
容塵量大，使用壽命長；過濾面積大，氣流穿過材料的速度低，過濾器的阻力小，還可以減少維護費用和空調系統能耗費。