制藥加工設備的清洗對防止產品被污染及保護設備至關重要。防止加工設備上引起的交叉污染一般是通過學習并理解設備預先生產出來的產品，然后適當地選擇恰當的清洗劑，在規定的參數指導下，去除產品帶來的污染。
新生產的不銹鋼設備表面可能會有多種不知名的污染物。可能包含:潤滑劑、空氣研磨油、黏合劑、拋光復合物及其它污物。在設備開始使用或鈍化之前確保這些污物被清除，這是非常重要的，下面成都凈化工程公司就談下藥廠潔凈室施工之潔凈室新設備怎么清洗。
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因為大自然及表面污染物能夠因為一些外在情況及設備以往的使用情況而發生改變，這里建議一般的清洗步驟最好連同充分的監視測試來確保清洗性能。這里建議的方法不是針對所有可能的污染物。這個方法可能也要跟著設備制造商的要求來修改，基于系統污染物的兼容性以及之前的一些經驗或歷史數據。
建議清潔步驟如下。
①不銹鋼表面要被用45～60℃的溫水沖洗干凈，以沖洗掉表面的污物。
②去除設備拋光區域的一些過多的拋光粉末及微粒，使用軟毛的刷子是必要的。完成后，沿著拋光砂線的方向刷，并經過充分沖洗以沖掉細小的顆粒物。
③推薦的清洗溶液是由5％的CIP100堿性清洗劑添加5％的CIP添加劑。設備可以通過CIP系統配制這個溶液進行清洗，需要在70～80℃的溫度下循環沖洗3～4h。這種堿性清洗步驟可以用來清除油漬、潤滑油和細小的污物。
④設備用45～60℃的去離子水來進行完整的沖洗。
⑤分析測試，可以使用表面擦拭方法，然后確保有機污物和小的顆粒物都被清除干凈。快速有效的方法是水中斷測試。在這個測試中，用肉眼觀察，在潔凈表面上的水沒有回流，不形成水珠，并且離開未被浸濕的區域。白手套測試可能也是這個階段另一個快速測試整體表面清潔度的一個方法。
以上這些預清洗及檢測的指導是用來確保所有的表面被清洗干凈以及有機污物的小顆粒物被去除干凈。如果發現沒有充分清洗干凈，必須重復以上步驟。
上述步驟對于去除鐵氧化物并沒有很好的效果。對于其它的一些金屬污染物可能也沒有很好的效果。在堿性清洗劑預清洗完后，除銹鈍化過程也要適當地進行處理。