防火分區的設計對于潔凈廠房設計來說是非常重要的一部分。在建筑物的某一空間發生火災后，由于熱氣體的對流，火焰的熱量會會輻射出去，或者從地板、墻壁、門窗洞口的燃燒處蔓延到其他空間，最終發展為整個建筑物的火災。因此，很重要的是在一定時間內把火災控制住。
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所謂防火分區，是指在一定時間內防止火災蔓延到同一建筑物其他部位的局部區域（空間單元）。采取建筑物防火分區措施，在建筑物發生火災的情況下，能在一定范圍內有效控制火勢，減少火災損失，為人員安全疏散和消防提供有利條件。
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根據防火分區防止火災蔓延的功能，防火分區可分為兩類。一種是垂直防火分區，用于防止火災在建筑層間垂直蔓延；另一種是水平防火分區，用于防止火災水平蔓延。
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將防火分區進行劃分對消防和安全疏散也是非常有利的。為了迅速有效地撲滅火災，減少火災損失，消防人員經常采取圍擋、交錯、分隔，最后撲滅火災的方法。并且防火隔斷本身之間的防火分隔物本身也可以起到阻擋作用,從而可以在一定范圍內控制火災,避免大面積火災所帶來的困難。發生火災時，防火分區外的防火分區是相對安全的區域。因此，為了安全疏散，只要有人從防火分區逃生，其安全性就得到了比較好的保障，可以保證安全疏散的順利進行。
潔凈廠房的防火分區的劃分以及防火分區之間應采取技術措施的設置應注意下列要求。
1、確定了防火墻間占地面積后,還需要對在一個防火分區內的潔凈區與非潔浄區之間設防火分隔,這主要是為了保護潔凈區的財產安全。《潔凈廠房設計規范》規定在一個防火分區內的綜合性廠房,其潔凈生產與一般生產區域之間應設置不燃燒體隔斷措施。隔墻及其相應頂棚的耐火極限不應低于1h,隔墻上的門窗耐火極限不應低于0.6h。穿隔墻或頂棚的管線周圍空隙應采用防火或耐火材料緊密填堵。
2、對于與潔凈生產區空間連通,作為回風空間的下技術夾層,其面積可不計入潔凈生產區防火分區面積。
3、潔凈廠房,其中主要是多層潔凈廠房中為了穿行豎向管線,常常根據管線組織的要求設有技術豎井,為了減少一旦發生火災后的損失和防止火情的豎向蔓延,技術豎井的井壁應為不燃燒體,其耐火極限不應低于1.0h。