藥廠設計是一門涉及科學、技術、經濟和方針政策等各方面的綜合性的應用技術科學，藥廠設計文件是工程建設的依據，所有工程建設都必須經過設計，未有設計的不得進行施工。因此設計是制藥廠建設必不可少的重要組成部分。
一個制藥廠建設在廠址選定之后，總體布是否合理，是否符合“GMP”要求的工藝流程，技術是否合理，設備選型是否得當，生產組織是否科學，建設投資是否合適，產品產量、質量能否達到要求，很大程度上決定于設計質量的水平，所以設計工作是一個工程的靈魂，在整個建設中起著舉足輕重的作用。
藥廠設計一般分為初步設計和施工圖設計，國家對醫藥工程的初步設計和施工圖設計內容和深度均有詳細的規定。
初步設計是根據已批準的可行性研究報告，對設計對象進行全面的研究，尋求技術上可能、經濟上合理、最符合要求的設計方案。從而確定總體工程設計、車間裝備設計原則、設計標準、設計方案和重大技術問題。如總工藝流程，產品生產方法，全廠組成，總圖布置、水、電、汽、冷的供應方式和用量，關鍵機械設備及儀表選型，全廠貯運方案，消防、職業安全衛生、環境保護綜合利用以及車間或單體工程工藝流程和各專業設計方案等，編制出初步設計說明書等文件與工程項目總概算。
初步設計是確定建設項目的投資額、征用土地、織主要設備及材料的采購、進行施工準備、生產準備以及編制施工圖設計的依據；亦是編制施工組織設計、簽訂建設總承包合同、銀行貸款以及實行投資包干和控制建設工程撥款的依據。初步設計包括文字說明、圖紙和設計概算三大部分。
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