風量較小的組合式凈化空調機組是組件出廠，現場安裝，與一般的組合式空調機組相似，均是由不同的功能段組合而成。風量大的組合式凈化空調機組，有時采用散件出廠，現場組裝。機組壁板采用復合板，其夾芯多采用聚氨酯材料，外層采用彩鋼板、噴塑鋼板等；內層采用彩鋼板、不銹鋼板等。對于生物潔凈室，特別是醫院潔凈手術部，組合式空調機組壁板內側多采用不銹鋼板，風機采用不銹鋼風機。機組各段之間的連接通常采用螺栓緊固形式、拼接縫處墊海綿橡膠板密封。通常由生產廠家派人安裝或派技術員指導安裝。
安裝前應認真核對生產廠家的發貨清單及明細表，會同工程監理人員核查各功能段是否齊全、管道接口方向是否正確；加熱段與冷卻段換熱器的排數、尺寸、材料是否與設計圖紙相符；檢查風機型號、技術參數及與電動機的連接形式等是否與設計相符。重點檢查換熱器的翅片是否有疊壓現象，換熱管有無受損查驗風機及換熱器等部件的合格證，檢查箱體壁板是否受損。通過逐項檢查核準后填寫《工程材料/構配件/設備報審表》存檔。
下面介紹組合式空調機組對基礎的要求:
基礎應采用鋼筋混凝土基礎，基礎長度及寬度應比機組外形長度、寬度各增加100mm基礎高度應根據凝結水排水管的水封與排水坡度來確定。基礎平面必須平整，對角線水平誤差應不大于5mm。為了保護機組底板不受腐蝕，機組下部宜墊2條大小適宜的工字鋼或槽鋼（縱向敷設）。在表冷器、加熱器及風機段下部，酌情增加所墊型鋼。在風機下還需設置橫向型鋼，以增加強度。基礎平面施工誤差也可通過調整型鋼來消除。機組下部墊的工字鋼或槽鋼應做防腐、防銹處理。一切工作準備好后，應徹底清潔衛生。在安裝期間，不應有其他產塵作業的工種交叉施工。對于散件出廠的組合式空調機組的安裝，原則上應從一端向另一端按序安裝，但由于表冷器、加熱器、風機及其底座較重，所以，在安裝好該部位的底板后應先吊裝這些設備。通常，生產廠家已把風機及電動機組裝在減振底座上，安裝時不必拆開，除非尺寸過大，進門受限。當拆開安裝時，應在組裝側板前調整好電動機的準確位置。待這些重大組件安裝就位以后，撤去吊裝設備，裝好全部底板，調平調正，密封好接縫。有三點需特別注意:①機組電源線進線口應穿電線管且密封嚴密，電線管宜延伸至電動機接線盒處。②在安裝過程中應保護風機的減振器，待風機就位后再撤去剛性保護塊，使減振器均勻受力③表冷器下的不銹鋼凝水盤的坡度應調整好，保證凝水順利排出、不留死角。水封高度應按設計圖紙要求來確定。到此為止，即可按順序由一端向另一端安裝。先安裝側板，再安裝頂板，安裝過程中，應采用塑料薄膜對表冷器、加熱器、風機進行臨時封蓋保護，以防灰塵飛人。在拼裝箱體壁板時，應隨時擦掉壁板及各部件上的灰塵，應隨時檢查密封材料是否整齊且未受損，否則需更換。螺栓的擰緊程度應一致。待箱體裝配完畢，檢修門安裝到位，應對組合式空調機組內部再次進行清潔，撕去表冷器、加熱器等處的臨時保護膜，穿上干凈工作服及工作鞋，安裝粗效及中效過濾器，接通電源及檢修安全燈。空調機組組裝完畢后，應會同監理人員做漏風檢測。在靜壓為1000Pa時，當潔凈室潔凈度低于IS5級（英制100級）時，其漏風率不應大于2％；當潔凈室潔凈度等于或高于S05級（英制100級）時，其漏風率不應大于1％（檢漏裝置詳見《通風與空調工程施工質量驗收規范》GB502432002），漏風檢測合格后，填寫機組漏風量檢測驗收表，簽字蓋章后存檔。對于組件出廠的組合式凈化空調機組，其安裝相對簡單，只要把機組各段按序拼接，調平調正，接縫密封嚴密即可。
組合式凈化空調機組的表冷器及加熱器進、出水管接口，通常為外螺紋接口。在管道安裝過程中，由于現場的套絲機具所套最大管徑大多數不能滿足該水管接口管徑要求，有些單位利用車床加工連接管段的螺紋，采用管箍螺紋連接。若螺紋加工有誤差，在壓力試驗時很容易漏水而又不好處理。所以許多施工單位對于這些大管徑的螺紋接口，通常采用法蘭連接，方便而可靠。也免去了螺紋連接需安裝活接頭管件而造成安裝長度的增加。在已安裝好的組合式空調機組表冷段及加熱段的水管接口處焊接法蘭盤時，應特別注意對箱體壁板的保護。通常可采用多層浸濕的石棉布貼近并覆蓋水管接口處的壁板，外部再用金屬板遮擋，以避免焊接產生的火星燒壞壁板。