1、冷卻水水質管理
冷卻水的水質管理是凈化空調系統管理的重要環節之一。若水質差，就會使系統產生污垢、腐蝕等問題。污垢會增加傳熱熱阻，使冷水機組的性能下降；腐蝕則會影響冷水機組壽命。要保證冷水機組的性能良好，需對冷凝器的傳熱管進行定期檢查和清洗，一般可安排在每年的2～5月與機組大修一起進行。冷水機組的冷卻水管路系統很容易被污染，可以通過采取提高排污量與增加補水量的方法來改善冷卻水系統的水質。對水質還應進行定期檢查并采取一定的水質穩定措施，也可添加適當的防垢劑和緩蝕劑。冷卻塔很容易滋生細菌，如軍團菌等，它通過空氣傳播會引起疾病。所以對冷卻水進行定期化驗以及消毒、滅菌工作，也是凈化空調系統管理過程中很重要的環節。
2、冷（熱）媒水的管理
冷（熱）媒水系統大多是閉式循環系統，循環水系統都設置水處理器，系統內的循環水均充注軟水，所以水質污染小。對于制藥企業，不必專門設置水處理器，可借用去離子水處理器。在冷（熱）媒水系統中注入去離子水（把放置較久、工藝中不能使用的去離子水注入即可），效果更好。要在每年運行前對系統進行徹底清洗，注入去離子水或軟水，不必添加防垢劑。