1、空氣潔凈度基本相同的潔凈室宜相對集中。
2、不同空氣潔凈度級別的潔凈室宜按空氣潔凈度級別的高低按里高外低布局，并應有指示壓差的裝置或設置監控報警系統。
3、空氣潔凈度級別高的潔凈室宜盡量布置在無關人員最少到達的外界干擾最少的區域，并宜盡量靠近空調機房。
4、不同潔凈度級別室之間有相互聯系（人、物料進出）時，應按人凈、物凈措施處理。
5、潔凈室中原輔材料、半成品、成品存放區域應盡可能靠近與其相關的生產區域，以減少傳遞過程中的混雜與污染。
6、青霉素、β-內酰胺結構等高致敏性藥品的生產必須設置獨立的潔凈廠房、設施及獨立的空氣凈化系統。
生物制品應按微生物類別、性質及生產工序的不同設置各自的生產區、儲存區或儲存設備。
中藥材的前處理、提取、濃縮，以及動物臟器、組織的洗滌或處理都必須與其制劑嚴格分開。
7、潔凈室需設立單獨的備料室、稱樣室，其潔凈度級別同初次使用該物料的潔凈室
8、需在潔凈環境下取樣的物料，應在倉儲區設置取樣室其環境的空氣潔凈度級別同初次使用該物料的潔凈室。無此條件的獸藥生產企業，可在稱量室內取樣，但需符合前述的要求。
9、潔凈室應設單獨的設備及容器具清洗室
1萬級以下潔凈室的設備及容器具清洗室可設在該區內，空氣潔凈度級別與該區域相同。100級、1萬級潔凈室的設備及容器具宜在本潔凈室外清洗，其清洗室的空氣潔凈度級別，不應低于1萬級。如必須設在潔凈室內，則空氣潔凈度級別與該區域相同洗滌后應干燥進入無菌潔凈室的容器具應消毒或滅菌。此外，應另設設備及容器具的存放室，要求與其清洗室相同，或在清洗室設存放柜其空氣潔凈度不應低于10萬級。
10、清潔工具洗滌、存放室宜設在潔凈區外。如需設在潔凈室（區內，其空氣潔凈度級別應與本區域相同，并有防止污染的措施。
11、10萬級及以上區域的潔凈工作服的洗滌干燥、滅菌室應設在潔凈室內，其潔凈度級別不低于30萬級。無菌工作服的整理室、滅菌室，其潔凈度級別應與使用此無菌工作服的潔凈室相同。不同潔凈度級別區域的工作服不應混洗。
12、人員凈化用室包括換鞋室、更衣室、盥洗室氣閘室等，按工藝要求設置。廁所、淋浴室、休息室的設置不得對潔凈室產生不良影響。