由于醫(yī)藥潔凈廠房在建筑設(shè)計上要考慮密閉和安裝凈化空調(diào)系統(tǒng)的要求，因此，與一般的工業(yè)廠房相比，醫(yī)藥潔凈廠房在布置和構(gòu)造上有許多自身的特點。醫(yī)藥潔凈廠房通常是無窗的，有外窗的也多為不可開啟的雙層密封窗。無窗廠房發(fā)生火災(zāi)時不易被外界發(fā)現(xiàn)，故其消防問題尤為突出。醫(yī)藥潔凈廠房的出入口較少，這給火災(zāi)時的人員疏散和消防人員進出帶來了困難。火災(zāi)發(fā)生后，保溫及裝修材料會產(chǎn)生大量的毒氣和濃煙，加之醫(yī)藥潔凈廠房的封閉式結(jié)構(gòu)，對人員疏散和滅火搶救十分不利。此外，醫(yī)藥潔凈廠房中的空調(diào)風(fēng)管密布，潔凈室之間通過風(fēng)管相通，若火災(zāi)發(fā)生時仍繼續(xù)回風(fēng)，則風(fēng)管將成為火及煙的主要擴散通道。
由于醫(yī)藥潔凈廠房存在許多不利于防火防爆的因素，一旦發(fā)生火災(zāi)，往往會造成嚴(yán)重損失。因此，有潔凈度要求的廠房更應(yīng)重視防火防爆問題。
首先，醫(yī)藥潔凈廠房的耐火等級不能低于二級，廠房的層數(shù)和占地面積必須符合相關(guān)規(guī)定。其次，無窗的醫(yī)藥潔凈廠房應(yīng)在適當(dāng)位置設(shè)置門或窗，以備車間工作人員疏散和消防人員進出醫(yī)藥潔凈廠房的每一層、每一防火分區(qū)或每一潔凈區(qū)的安全出口均不能少于兩個，且安全出口至最遠工作點的距離必須符合相關(guān)規(guī)定。第三，醫(yī)藥潔凈廠房內(nèi)的建筑材料應(yīng)選用非燃燒或難燃燒材料，以提高整個醫(yī)藥潔凈廠房的防火性能。例如，各種技術(shù)豎井的井壁應(yīng)選用耐火極限不低于1h的非燃燒體；吊頂材料應(yīng)選用耐火極限不低于0.25h的非燃燒體或難燃燒體；隔墻材料應(yīng)選用耐火極限大于0.5h的非燃燒。第四，凈化空調(diào)系統(tǒng)及其附屬設(shè)施應(yīng)符合建筑防火的要求。例如，空氣過濾器應(yīng)適應(yīng)建筑防火的要求，其安裝骨架應(yīng)采用非燃燒體；各種風(fēng)管的保溫材料、消聲材料和密封材料應(yīng)采用非燃燒或難燃燒材料。第五，應(yīng)防止風(fēng)管或孔道成為火及煙的擴散通道。例如，穿過樓板或防火墻的風(fēng)管，其內(nèi)應(yīng)設(shè)置溫感或煙感的防火閥；穿過樓板或隔墻的管道，其周圍空隙應(yīng)做嚴(yán)格的防火密封處理。