常用的消毒方法有物理方法，如煮沸、蒸汽等，適用于棉織物、空罐等；紫外線消毒，適合于空氣、衣物等；化學方法，使用各種化學藥品、制劑進行消毒，適用于各種對象。各食品工廠可根據消毒對象的不同采用不同的消毒方法。
（一）食品工廠常見的消毒藥品
（1）漂白粉。使用濃度（體積分數）0.2％～0.5％，適用于無油垢的工器具，如操作臺、夾層鍋、墻壁、地面、冷卻池、運輸車輛、膠鞋等的消毒。
（2）堿溶液。使用濃度（體積分數）1％～2％，適用于有油垢或濃糖沾污的工器具、機械、墻壁、地面、冷卻池、運輸車輛及食品原料庫等的消毒。
（3）福爾馬林。37％甲醛的水溶液稱作福爾馬林，常以水溶液或加熱成氣體狀用于殺菌。使用濃度（體積分數）5％，適用于有臭味的陰溝、下水道、垃圾箱、廁所等的消毒。
（4）石灰乳。使用濃度（體積分數）20％，適用于干燥的空曠地的消毒。
（5）石灰粉。使用時50kg石灰加水17.5kg，即成粉狀，適用于潮濕的空曠地的消毒。
（6）高錳酸鉀溶液。使用濃度（體積分數）0.1％～2％，適用于水果與蔬菜的消毒。
（7）酒精溶液。使用濃度（體積分數）70％～75，適用于手指、皮膚、小工具的消毒。
（8）過氧乙酸。為新型高效消毒劑，對細菌繁殖體、芽孢、真菌、病毒均有高度殺滅效果。使用濃度（體積分數）0.04％～0.2％，適用于各種器具、物品和環境消毒。
（9）二氧化氯。常溫下為黃紅色氣體，易溶于水，有很強的殺菌作用，主要用于飲用水的消毒，加入量只需0.2mg/L即可達到飲用水的消毒要求，此外，還可用于食品加工車間、加工設備、管道、空氣、農產品的消毒，以及作為食品保鮮劑等。
（10）臭氧。常溫下為帶藍色爆炸性氣體，有特異臭，是一種高效廣譜殺菌劑，穩定性極差，常溫下可自行分解，不易貯存，需現場制作，立即使用，可使細菌、真菌等菌體的蛋白質外殼氧化變性，可殺滅細菌繁殖體和芽孢、病毒、真菌等。
臭氧是已知最強的氧化劑之一，僅次于氟，可以氧化大多數有機物、無機物。臭氧與其他氧化性物質的氧化性強度對比如下:
氟臭氧＞過氧化氫＞高錳酸根＞二氧化氯＞次氯酸＞氯氣＞氧氣
（11）新潔而滅。又名溴芐烷銨、溴化十二烷基二甲基芐基銨、苯扎溴銨，簡稱G12，化學名為十二烷基二甲基芐基溴化銨，分子式C21H38NBr，屬于季銨鹽類的陽離子表面活性劑。在水溶液中，其主體部分離解成陽離子。在低濃度下有抑菌作用，在高濃度下可殺死大多數種類的細菌繁殖體與部分病毒。其優點:殺菌濃度低，一般只需千分之幾即可；毒性與刺激性低；溶液無色；無腐蝕漂白作用；氣味小，水溶解性好，使用方便；耐光、耐熱、耐貯存。其缺點:對部分微生物效果不好，特別是芽孢；價格較貴；配伍禁忌多；效果受有機物影響大。本品可用于倉庫及各種容器，用1:（2000～5000）的水溶液，以噴霧的方式殺滅霉菌和其他細菌；也可用1:（2000～5000）的水溶液，擦拭食品生產機械設備、用具表面，以防長霉。該消毒劑不能與肥皂或其他陰離子洗滌劑同用，也不可與碘或過氧化物等消毒劑合用，不宜用本品消毒糞便、痰液等排泄物和分泌物。目前我國允許使用的季銨鹽類消毒劑除新潔而滅外，還有度米芬和消毒凈。
（二）常見的消毒方法
因加熱消毒簡單方便、殺菌效果可靠，而且消毒后有“凈干亮潔”的特點，易于檢查，一直成為食品加工器具、餐具消毒的一種主要方式。企業的加工器具、餐具和其他物品首先要選用加熱消毒法，其次，才選用洗滌劑和消毒劑。
紫外線是食品加工企業常用的消毒方法。紫外線屬于電磁波輻射，不能使原子電離，放出的能量低，穿透力弱。但紫外線消毒廉價、方便、無殘留毒性、比較安全。它的主要用途是消毒空氣，也可用于水、飲料、物體表面消毒，可殺滅各種微生物，包括細菌、真菌、病毒、立克次體等。