一、供水的衛生管理
為了保證食品廠內有充足的用水量，必要時應有貯水設備（如貯水槽、貯水塔、貯水池），其材料要求無毒、不污染水質，并應有適當的保護措施貯水設備應定期清洗并每天（開工時）檢查加氯消毒情形。
如果食品生產時用水屬非自來水，應設置凈水或消毒設備。其水質每年至少應向政府公告認可的檢驗機構申請檢驗一次，以確保其符合飲用水水質標準（鍋爐用水，冷凍、蒸發機等冷卻用水，或洗地、澆花、消防等用水除外）。
當冰與食品、食品表面接觸時，它必須以一種衛生的方式生產和貯存。制冰桶的內層應用食用級材料制成，食品與不衛生的物品不能同存于冰中。
對直接或間接接觸產品包裝的循環冷卻水，必須定期進行微生物（細菌總數和大腸菌群）檢測或控制水中殘留氯濃度。如乳制品生產中用于板式熱交換器的冷卻水要滿足細菌總數小于500cfu/mL、大腸菌群小于1cfu/100mL的衛生要求。
二、交叉污染的控制
飲用水系統與非飲用水系統之間應無交叉污染。加工操作中易造成交叉污染的關鍵區域及防止交叉污染的具體措施有以下幾點。
1、水源應距離污染源15m以上。
2、關于井水水源，井口必須遠離水井以促進適宜的排水，應密封以禁止污水的進入。定期檢查大腸菌群總數和其他影響水質的成分。
3、水泵設計必須合理，防止虹吸，使廢水和污水倒流入上水管造成交叉污染。在檢查時，要沿上水管道和廢水管道進行檢查，判定是否造成交叉污染。
4、非飲用水所使用的管路（如冷卻水等）與制造用水管路應以顏色區分，不得有逆流或相互交接現象。
5、生產用水管道的閥門應設有止回流裝置防止地面或槽中臟水被吸入飲用水中。
6、當冰與食品或食品表面相接觸時，生產和貯藏必須衛生。食品及不衛生的物品不能同存于冰中。制冰機內應經常檢驗以保證清潔，不存在交叉污染。
7、清洗/解凍/漂洗槽其進水口不得低于水槽水位。一般在進水管和槽的邊緣之間必須有兩倍于進水管直徑的間隙以防止虹吸，避免污水污染凈水。
8、生鮮原料清洗用水如果再循環使用時，應適當消毒，必要時加以過濾。
三、食品廠內清洗設備用水的要求
清洗的目的是為了除去設備上的洗滌液和相關可溶的、已溶的、乳化或懸浮的污染物。對于溶劑清洗，沖洗時通常使用與洗滌過程所用的相同的新鮮溶劑。沖洗這一步所用的沖洗液不再循環使用。生產結束后，清洗中非常重要的規則是最終沖洗的水質至少應該和下一個產品生產所用的水質相同。它的原則是最后一次沖洗后留在設備表面的水及其污染物都與下一產品生產時所用的水質一致。