在藥廠設計中，空調系統對潔凈室（特別是控制濕度的潔凈室）十分關鍵，而且必須考慮能量效率、可控性、可靠性和成本一效果等因素。潔凈室通常需要每年連續運轉空調。在寒冷季節，如果潔凈室只需要冷熱的舒適感（無濕度控制）則可采用燃料節省器循環。下面華盛興邦就談下藥廠設計之空氣調節設計。
燃料節省器不能用于控制濕度的潔凈室，因為從外界直接進入的未處理空氣可能引起對空間高濕度負荷，而且不能精密控制濕度。然而，仍可由間接的方法來利用外界冷卻溫度，如空氣一空氣或空氣一水的熱交換器可取得有效冷卻、能量節約的優點。對潔凈室有高度顯熱負荷的冬季環境溫度，用間接的回收裝置具有很大的吸引力。這點在藥廠設計時要尤為注意。
在藥廠設計中，設備選擇對空調效率的影響比較大，關鍵在于初投資費用對kW/t的平衡，下圖顯示對各種冷卻設備一般的kW/t比率。在系統效率和初投資費用之間必須達到平衡。一般來說，如果效率比較好，則其初投資費用會較高，在較大系統（300或大于300t）應該考慮選擇成本效果較高的集中裝置系統。